Museum Bahari Yogyakarta resmi dan dibuka untuk umum pada tanggal 25 April 2009. Museum tersebut diprakarsai oleh Laksamana Madya TNI Yosafat Didik Heru Purnomo selaku Pembina Paguyuban Tri Sekar Lestari. Karena kecintaannya pada kelautan dan prihatin atas antusiasme generasi muda terhadap wawasan kelautan, beliau menghibahkan rumah pribadinya untuk dijadikan sebuah museum.

Sebagai museum termuda di Yogyakarta, Museum Bahari telah terdaftar sebagai anggota Badan Musyawarah Museum (Barahmus) DIY, badan tersebut bertugas mengkoordinasi berbagai agenda kepengurusan museum di DIY dengan tujuan mendekatkan museum pada masyarakat

Museum Bahari menyediakan berbagai koleksi kelautan, seluk beluk isi anjungan kapal perang, juga berbagai film dokumenter sejarah TNI AL. Koleksi kelautan dan pertahanan laut yang dipamerkan museum ini berupa senjata meriam, bom laut,  torpedo, alat selam, telegraf, miniatur kapal, peta dunia, meriam bergerak, jangkar, replika kapal beserta komponen-komponen didalamnya.

Museum Bahari memiliki empat ruang utama, yaitu ruang koleksi dan souvenir, ruang koleksi yang terdapat di lantai dua, ruang anjungan terakhir ruangan audio visual yang dilengkapi dengan peralatan audio viual untuk pemutaran film yang berkaitan dengan kelautan. Selain koleksi tersebut museum ini juga menyajikan simulasi di anjungan kapal yang dilengkapi dengan sistem kendali senjata dan navigasi serta peralatan pendukung kapal perang seperti baling-baling, ranjau, torpedo, dan meriam.

Waktu kunjung Senin - Minggu: Rombongan dengan pemberitahuan terlebih dahulu, Sabtu – Minggu : 08.30 – 15.30 WIB, tiket masuk cukup dengan Rp 1.000,00/orang. Akses yang mudah dijangkau pengunjung dapat menggunakan kendaraan pribadi dan kendaraan umum  seperti bis kota jalur 15 yang langsung bisa turun didepan Museum Bahari. Kendaraan Trans-Jogja juga menyediakan jalur yang langsung dapat menuju ke lokasi tersebut.